A 15 ans il est envoyé au Gymnasium de Lüneburg, où pendant 3 ans il profite des possibilités que cette ville offre à son désir d'élargir ses connaissances musicales. Deux organistes attirent son attention : Johann Jacob Lôwe (1 629-1 703) et George Böhm (1661-1733).
Plusieurs voyages à Hambourg, le centre Protestant au Nord de l'Allemagne, procurent au jeune musicien une connaissance approfondie de cette grande tradition ainsi que l'art de la facture d'orgues, Comme violoniste en 1703, Bach entre au service de Johann Ernst de Weimar, et au mois d'août de la même année, est nommé organiste de Saint Boniface d'Arnstadt.
A la suite de conflits avec ses supérieurs, Bach quitte Arnstadt et accepte la succession de Ahle à l'église Saint-Blaise à Mülhausen en 1707. La même année, il épouse sa cousine Maria Barbara Bach, qui lui donnera sept enfants. L'année suivante, Bach est nommé musicien de chambre et organiste de la cour de Weimar. En 1714, il est nommé « Konzertmeister » de la cour. De musicien d'église, Bach devient musicien de cour. En 1721, il écrit les six concertos Brandebourgeois, et se remarie à la suite de la mort de sa première femme avec Anna Magdalena, qui lui donne 13 enfants, dont Johann Christoph (Le Bach de Bückeburg) et Johann Christian (le Bach de Londres).
En 1723, le vendredi saint, il accepte pour des raisons financières (sa famille est particulièrement nombreuse) le poste de cantor de Leipzig et se présente à l'église Saint-Thomas avec sa « passion selon Saint-Jean ». Dans le domaine musical, tout change : après la musique profane, à laquelle s'était adonné le maître de chapelle, c'est la musique d'église qu'on exige du cantor. Après les musiciens professionnels de cour, il ne trouve là que de simples musiciens d'église, des étudiants et des élèves. Son temps libre est assombri par des disputes avec le conseil de ville et le recteur de son école. Ce n'est que malgré lui qu'il conservera son poste de cantor jusqu'à sa mort.
Il paraît alors renoncer à toute idée de changement, se replie sur lui-même et son œuvre et, pendant les dix dernières années de sa vie, sur une tradition musicale qui le rapproche encore plus de la source de foi luthérienne.
En 1736, BACH reçoit enfin le titre convoité de compositeur de la cour du roi de Pologne, mais il se voit confronté à un style musical qui n'est plus le sien, duquel il s'éloigne, en approfondissant les bases de son art devenu personnel dans sa poursuite isolée.
Une maladie des yeux le rend totalement aveugle en 1749. Les derniers mois, son élève et gendre, JC Altnikol note les dictées du Maître, qui écrit son « Art de la Fugue». Sur l'autographe, non achevé, Carl Philipp Emmanuel devait ajouter : « Sur cette fugue, où le nom de B.A.C.H. (suivant la notation allemande, qui correspond à celle des pays latins « Si bémol, La Do, Si ») a été placé an contre-sujet : l'auteur est mort ».